Les COV sont générés par les travaux de peiture. Ils font l'objet d'une règlementation en pleine évolution. Dès 2000, le chantier de Saint-Nazaire a investi dans des incinérateurs, installés sur les nefs de peinture. Ces équipements canalisent et brulent les COV. Parallèlement, les activités de peinture qui se déroulaient en plein air sur le pré-montage ont été en partie transférées dans ces alévoles.

En 2008, grâce à cet ensemble de mesures, les émissions de COV ont été réduites de 53 % par rapport à celles enregistrées en 2000.

L'estuaire de la Loire sur lequel est implanté le site de Saint-Nazaire est une zone écologique sensible. Soucieux de la protéger, STX France Cruise surveille en permanence la qualité des sédiments qui la composent. Le risque de fuite hydraulique est la plus grosse menace pour la qualité de l'eau. Ces fuites peuvent se séverser dans le réseau d'aux pluviales. Aussi, une étude est en cours pour l'équiper d'obturateurs.

Il faut également surveiller de près les bassins ouverts sur la Loire. Pour ce faire, des investissements ont également été réalisés. Il s'agit par exemple d'une unité de traitement mobile permettant de traiter les eaux de fon de cale.

Les sols sont menacés par les fuites de produits chimiques et par les fuites hydrauliques. Pour contenir ces fuites, le service HSE a développé diverses capacités de stockage :

- bacs souples de rétention placés sous les camions lors du soutage des navires ;
- véhicule d'intervention équipé du matériel nécessaire pour contenir une pollution ;
- kits d'intervention mis à disposition des chauffeurs de traîne en cas de fuite hydraulique.

Dans ce domaine également, les investissements réalisés sur le site de Saint-Nazaire prouvent notre volonté de mieux maîtriser nos déchets et de mieux les valoriser.

Parmi ces investissements, on peut citer les compacteurs pour les emballages sur les quais d'armement et le nouveau bâtiment couvert du centre de tri qui réduit les envols de déchets.
D'autres moyens très simples sont également proposés comme la mise en place de bennes dès le stade bord, ainsi que sur l'intégralité du site.

Des réflexions sont également engagées entre les équipes HSE et logistique, pour limiter le nombre de déchets à bord.